Análisis programa a programa
Quipu
Ideal para: El autónomo o micropyme que quiere facturar sin complicarse pero con automatización de IVA y modelos, soporte en español y app móvil.
A favor
Panel sencillo, buen manejo de IVA y modelos trimestrales, escaneo de gastos (OCR), integraciones bancarias y asistente Genius AI. Prueba de 15 días sin tarjeta.
En contra
API limitada y sin contabilidad de doble partida: si vas a crecer hacia inventario, equipo o RRHH se queda corto.
Holded
Ideal para: Negocio en crecimiento que sumará empleados, proyectos o inventario y quiere facturación, contabilidad, CRM y RRHH en una sola plataforma.
A favor
Suite muy completa, API potente, interfaz moderna e integraciones bancarias. La valoración de usuarios más alta del grupo.
En contra
Curva de aprendizaje media y funciones que sobran a un freelance puro. Ojo: el precio «desde» que anuncia es el anual; a mes suelto el plan de autónomo (Básico) cuesta 29 €.
Enlace directo sin comisión: con Holded no tenemos afiliación.
Anfix
Ideal para: Autónomo cuya asesoría trabaja con Anfix y quiere contabilidad y tesorería completas con conexión directa asesor-cliente.
A favor
El precio de pago más bajo de la tabla, contabilidad y tesorería completas, sincronización bancaria y atención al cliente muy valorada.
En contra
La mejor experiencia llega cuando tu asesoría también lo usa; el plan básico limita funciones.
FacturaDirecta
Ideal para: Freelance que solo necesita emitir facturas con QR VeriFactu y prefiere un plan gratis con opción de escalar a contabilidad.
A favor
Plan gratuito real con VeriFactu (hasta 10 clientes y 10 productos), interfaz directa, app móvil y escalado limpio a contabilidad.
En contra
Reportes básicos en el plan gratis y soporte principalmente vía chatbot; muestra de reseñas pequeña.
Contasimple
Ideal para: Autónomo que factura muy poco y quiere VeriFactu sin pagar nada, asumiendo una herramienta básica.
A favor
Único con plan gratuito de por vida que incluye VeriFactu; de los más baratos del mercado; interfaz simple.
En contra
Funcionalidad básica, sin contabilidad de doble partida y soporte por email. Arrastró un incidente de seguridad reportado en 2024.
Sage 50
Ideal para: Asesoría fiscal o empresa mediana con departamento contable que necesita un ERP robusto con soporte y actualización normativa.
A favor
Solución madura y escalable, contabilidad completa con cierre fiscal, soporte profesional y actualización normativa incluidos.
En contra
Precio elevado con contrato anual, curva de aprendizaje alta y diseño anticuado en algunos módulos.
Cómo elegir según tu perfil
La pregunta «¿cuál es el mejor programa de facturación?» no tiene una respuesta única, y desconfía de quien te la dé sin preguntarte antes cómo trabajas. El programa idóneo para un diseñador que emite diez facturas al mes no es el mismo que para una tienda con doscientas operaciones y control de stock. Estas son las cuatro situaciones más habituales entre autónomos y qué encaja mejor en cada una.
- Empiezas y quieres lo más sencillo sin renunciar a nada. Quipu es el equilibrio: panel claro, automatización de IVA y modelos, escaneo de gastos y soporte en español, con quince días de prueba sin tarjeta. Anfix es una alternativa más barata si tu asesoría también lo usa.
- Tu prioridad es no pagar (de momento). La aplicación gratuita de la AEAT, el plan gratuito de por vida de Contasimple o el gratis de FacturaDirecta cumplen la ley con VeriFactu. Son la puerta de entrada perfecta para volumen bajo; cuando el negocio crezca, migras.
- Vas a crecer: empleados, proyectos, inventario. Holded deja de ser un simple programa de facturas y se convierte en el sistema que gestiona todo el negocio. Cuesta más y tiene más curva, pero evita cambiar de herramienta a mitad de camino.
- Eres asesoría o tienes contabilidad exigente. Sage 50 y Anfix están pensados para llevar varios clientes o una contabilidad completa con cierre fiscal, cuadre masivo de modelos y soporte profesional.
¿Y las opciones gratis? La aplicación de la AEAT y los planes freemium
Conviene desmontar un miedo extendido: cumplir con VeriFactu no obliga a pagar una suscripción. Desde octubre de 2025, la Agencia Tributaria ofrece en su sede electrónica una aplicación gratuita de facturación VeriFactu para quienes facturan poco. Es una herramienta deliberadamente básica —su gran limitación es que exige identificar siempre al destinatario, de modo que no sirve para emitir tickets ni facturas simplificadas— pero genera facturas con QR y huella perfectamente válidas, y no cuesta nada.
Si necesitas algo un poco más cómodo sin pasar por caja, dos SaaS mantienen plan gratuito con VeriFactu incluido: Contasimple, con un gratis de por vida limitado en número de documentos, y FacturaDirecta, gratuito hasta diez clientes y diez productos. Son excelentes para arrancar. El salto a un plan de pago compensa cuando empiezas a perder tiempo en tareas que el software automatiza: cuadrar el IVA del trimestre, escanear tickets de gastos, conciliar el banco o vigilar los vencimientos de cobro. En ese punto, herramientas como Quipu o Anfix se pagan solas en horas ahorradas.
Qué mirar antes de contratar (más allá del precio)
El precio es lo primero que salta a la vista, pero no es lo que más pesa a los seis meses. Antes de decidirte, comprueba cuatro cosas. La primera, que el programa esté adaptado a VeriFactu (todos los de esta comparativa lo están); recuerda que la AEAT no homologa software, así que basta la declaración responsable del fabricante y que emita el QR. La segunda, que automatice tus modelos concretos: si haces recargo de equivalencia, criterio de caja u operaciones intracomunitarias, verifica que los soporta. La tercera, el soporte: en los planes de entrada suele ser solo por email, y cuando tienes un problema con Hacienda de por medio, la diferencia entre un chat que responde y un email que tarda tres días es enorme. Y la cuarta, la portabilidad: que puedas exportar tus datos en CSV el día que quieras cambiarte, para no quedar atrapado.
Nuestra recomendación sincera: no sobrepagues por funciones que no vas a usar. La mayoría de los autónomos que facturan servicios se manejan de sobra con una herramienta sencilla de 6 a 17 euros al mes —o incluso gratis mientras el volumen es bajo— y solo tiene sentido subir a un ERP como Holded o Sage cuando el negocio realmente lo pide. Empieza pequeño y escala.
Preguntas frecuentes
¿Cuál es el mejor programa de facturación para un autónomo que empieza?
Si arrancas de cero y quieres lo más sencillo sin renunciar a la automatización de IVA y modelos, Quipu es un buen equilibrio (17 €/mes, 15 días de prueba sin tarjeta). Si tu prioridad es no pagar nada mientras el volumen es bajo, la aplicación gratuita de la AEAT o el plan gratis de Contasimple o FacturaDirecta cumplen con VeriFactu. Y si prevés crecer con empleados o inventario, Holded escala mejor. No hay un único ganador: depende de tu perfil, y por eso más abajo lo desglosamos caso por caso.
¿Hay algún programa de facturación gratis y legal con VeriFactu?
Sí. La AEAT ofrece desde octubre de 2025 una aplicación gratuita de facturación VeriFactu en su sede electrónica, pensada para quien factura poco; su límite es que obliga a identificar al destinatario (no emite tickets ni facturas simplificadas). Entre los SaaS, Contasimple tiene un plan gratuito de por vida con VeriFactu (con topes de documentos) y FacturaDirecta uno gratis limitado a 10 clientes y 10 productos. Todos ellos son legales: lo que importa es que el software emita la factura con QR y la huella VeriFactu.
¿Cuánto cuesta de verdad un programa de facturación al mes?
Para un autónomo, la horquilla real de pago va de unos 6 €/mes (Anfix) a 17 €/mes (Quipu) en las opciones pensadas para facturar, y sube a 29-45 €/mes cuando entras en suites tipo ERP (Holded Básico, Sage). Un aviso importante que confunde a mucha gente: el precio «desde» que anuncian varias webs es el equivalente con pago anual; a mes suelto suele costar bastante más (Holded es el caso más llamativo: anuncia 15 € pero el plan de autónomo son 29 € al mes). Todos los precios que damos son mensuales reales y sin IVA.
¿Me vale la aplicación gratuita de la AEAT o necesito un programa de pago?
La app gratuita de la AEAT te vale si facturas poco (unas 10-30 facturas al mes), a clientes identificados y con IVA sencillo. Se queda corta en cuanto necesitas emitir tickets o facturas simplificadas (no los admite), escanear gastos, conciliar el banco, controlar vencimientos o preparar los modelos trimestrales de forma automática. Ahí es donde un SaaS de pago (Quipu, Holded, Anfix…) ahorra horas y errores. Una regla práctica: empieza por lo gratis y salta a un programa de pago cuando el volumen o la casuística te compliquen la vida.
¿El programa me prepara el modelo 303 de IVA y el 130 de IRPF?
Los SaaS orientados a autónomos (Quipu, Holded, Anfix, Contasimple) calculan y prerrellenan los modelos de IVA (303) y de pago fraccionado de IRPF (130) a partir de tus facturas y gastos, lo que reduce el margen de error y el tiempo de cada trimestre. La app gratuita de la AEAT no llega a ese nivel de automatización. Aun así, presentar los modelos sigue siendo tu responsabilidad: conviene revisar los importes antes de enviar.
¿Puedo cambiar de programa más adelante sin perder mis datos?
Sí. La mayoría de los programas permiten exportar clientes, productos y facturas en CSV o Excel e importarlos en el nuevo. El mejor momento para migrar es un cambio de trimestre o de año, con el ciclo cerrado, y dejando un mes de solapamiento si el volumen es alto. Por eso no pasa nada por empezar con una herramienta sencilla o gratuita y dar el salto cuando el negocio lo pida.
¿Quipu, Holded o Billin?
A grandes rasgos: Quipu es el equilibrio para el autónomo que quiere facturar y gestionar impuestos sin complicarse; Holded es un ERP que gana cuando vas a crecer con equipo, proyectos o inventario; y Billin es la opción más barata si solo quieres emitir facturas de forma sencilla. Lo desarrollamos en el cara a cara Holded vs Quipu y en Quipu vs Billin.