La comprobación limitada es uno de los procedimientos de control tributario que utiliza la Agencia Estatal de Administración Tributaria (AEAT), regulado por los artículos 136 a 140 de la Ley General Tributaria (Ley 58/2003). Su función consiste en permitir que la Agencia verifique elementos concretos de la situación tributaria del contribuyente sin necesidad de abrir una inspección completa, manteniendo el alcance acotado al objeto que se haya delimitado en el propio inicio del procedimiento. Es, en la práctica, una herramienta intermedia entre la simple verificación de datos y la inspección plena.
El procedimiento se inicia, de manera habitual, cuando la AEAT detecta discrepancias entre los datos que el contribuyente ha declarado y la información que terceros han reportado a través de los modelos informativos: el 190 de los empleadores, el 196 o el 187 de las entidades bancarias, el 198 de los brokers de valores y el 347 de proveedores y clientes. También se activa cuando el cruce entre los propios modelos del contribuyente revela inconsistencias, como ocurre entre el 303 de IVA y el 390 anual, o entre el 130 de pagos fraccionados y el 100 de la declaración de la renta. En todos los casos, la apertura se notifica formalmente mediante un requerimiento que detalla con precisión el alcance y los periodos afectados, sin posibilidad de ampliación posterior salvo apertura de un procedimiento nuevo.
El plazo máximo del procedimiento es de 6 meses contados desde la notificación de inicio hasta la notificación de la liquidación o del archivo, según el artículo 104 LGT (el 139 regula la terminación del procedimiento). Si la AEAT supera ese plazo sin notificar resolución alguna, el procedimiento caduca y el contribuyente queda libre del riesgo de regularización por los elementos comprobados. Conviene matizar, no obstante, que la caducidad no es automática en sus efectos prácticos: opera de oficio, pero el contribuyente debe vigilarla para invocarla si la Agencia pretendiera reabrir el asunto.
El alcance acotado del procedimiento es, en mi lectura, la garantía más relevante para el contribuyente. La comprobación limitada solo puede verificar los elementos que la AEAT haya señalado expresamente en el inicio y no admite ampliación posterior sin abrir un nuevo procedimiento. Esto significa que si la Agencia inicia un control por gastos de un epígrafe concreto, no puede aprovechar para revisar todo el ejercicio una vez dentro. Es una diferencia sustancial frente a la inspección plena, donde el examen se extiende a la totalidad de la situación fiscal del contribuyente.
Para situar este procedimiento dentro del catálogo de control de la AEAT, conviene compararlo con sus dos vecinos. Frente a la verificación de datos de los artículos 131 a 133 LGT, la comprobación limitada es más completa: incluye un trámite de audiencia con propuesta de liquidación que el contribuyente puede contestar antes de la liquidación definitiva, mientras que la verificación es un procedimiento más sumario y sin esa fase. Frente a la inspección de los artículos 141 a 159 LGT, en cambio, la comprobación limitada es notablemente más acotada: la inspección cuenta con un plazo de 18 meses prorrogable, puede examinar toda la documentación contable y fiscal del contribuyente sin restricción de alcance y dispone de facultades coercitivas que la comprobación limitada no posee.
Un caso práctico permite ver cómo funciona el procedimiento en la vida real. Un autónomo recibe la notificación de una comprobación limitada por los gastos de vehículo de turismo deducidos en 2024 por 4.500 €. La AEAT detectó que en sus registros de IRPF la dedicación profesional declarada está por debajo del 50 %, lo que dispara automáticamente la alerta sobre la deducibilidad del gasto. El plazo de respuesta del autónomo es de 10 días hábiles. En su caso, aporta libro de viajes, contratos con clientes en distintas ciudades y kilometraje justificado superior al 60 % de uso profesional. La AEAT acepta la documentación y archiva el procedimiento sin regularización alguna. La factura del esfuerzo: tiempo de gestión y la lección de mantener documentación viva durante todo el ejercicio.
Si la AEAT no acepta la justificación aportada, el procedimiento entra en su fase contradictoria: emite una propuesta de liquidación corrigiendo la deducción y otorga 15 días al contribuyente para alegaciones contra esa propuesta. Tras valorar las alegaciones, dicta liquidación definitiva, recurrible por la vía de reposición ante el propio órgano o, alternativamente, mediante reclamación económico-administrativa ante el Tribunal Económico-Administrativo Regional. Conviene tener presente, además, que junto a la liquidación puede tramitarse un expediente sancionador separado con sanción del 50 al 150 % de la cuota si la AEAT aprecia culpabilidad. Para conocer las opciones reales de defensa frente a esa liquidación, merece la pena revisar las entradas dedicadas al recurso de reposición y a la reclamación económico-administrativa.